副本。
而且蹊跷的是，副本抄录结束后，正本却不翼而飞，甚至于后来，历经无数战火，以及人为破坏，哪怕是副本《永乐大典》，也近乎丧失殆尽，只剩为数不多的残本，遗失于世界各处。
或许有人要问，后来屡遭灾难的，都是《永乐大典》副本，那么正本去哪里了呢？
根据史学家推测，可能有以下缘故。
其一，有人猜测，编纂好《永乐大典》后，明代帝王中只有孝宗和世宗，这两位喜欢读书的皇帝，常常阅读《永乐大典》，如孝宗曾把《永乐大典》中的医药秘方，抄赐给太医院学习，世宗则更是喜爱，案头上常备《永乐大典》，经常按韵索览。
而且在明代，有个奇特的葬俗——把死者生前喜爱的书籍，死后给与随葬。
那么《永乐大典》的正本，随葬于世宗永陵的可能性，无疑就很明显了，且如今所见的永陵，明显比明代其他皇陵，规模要更大许多，按礼制是可以随葬正本的。
世宗嘉靖帝下葬后，隆庆帝褒奖编撰儒臣，嘉奖徐阶等十数名儒臣“同知经筵席”，又以“重录《永乐大典》成”为由，再行褒奖，对《永乐大典》正本藏处，却是只字不提，因此这部煌煌巨著，公私书目、正史野史阙载，正本成为陪葬品，可能性就更大了。
不过随葬这一说法，是否真如猜测的那样，还得借助考古发掘。
第二种说法，则是被烧毁了，至于被烧毁的时间，存在两种看法种认为。
首先，发生在明亡之际，李自成领导农民起义，肆意烧毁，《永乐大典》正本因此就毁于一旦，至明末清初，皇宫内外有人疑窦丛生，如明末宦官刘若愚在《酌中志》里提出“旧《永乐大典》二部，今又见贮于何处也?”，且明末著名学者顾炎武在《日知录》里表示，《永乐大典》正本“全部亡佚”。
其次认为，清代初年《永乐大典》正本改贮乾清宫，嘉庆二年乾清宫曾发生过火灾，《永乐大典》正本未能幸免于难。
只不过，在此之前的乾隆年间，《永乐大典》正本是否存在，是很值得怀疑的，因此乾隆初编制的《天禄琳琅书目》里，没有收录《永乐大典》正本，而且编制时，宫中所有善本都集中于乾清宫旁的昭仁殿，乾隆帝为此曾赋诗，表示过对《永乐大典》正本的无奈：“《大典》犹看永乐传，搜罗颇见费心坚。简及释道欠精覆，久阅沧桑惜弗全。”
由此可见，乾隆皇帝并未见过《永乐大典》。
第三种说法，是被藏在夹墙说。
明代的皇史宬是皇家档案库，专门存放《实录》、《圣训》、《玉牒》类，重录本就被藏于皇史宬，因此有人认为，《永乐大典》正本藏在皇史宬的夹墙内，以备不测。
皇史宬全砖石结构，抵防水火性能极强，起皇史宬大殿墙壁构造，与其他建筑大不相同，东西墙厚度达35米，南北墙厚度达6米，将《永乐大典》正本秘藏于夹墙内，看似很有可能的。