没有完成任务的佩里从醉醺醺的状态中清醒过来，在第二年，1854年再度率领舰队光临日本，这次佩里不再接受忽悠，态度强硬，表示日本必须开放港口，允许日美贸易，如果日本拒绝的话，那就火炮的伺候！
这下子就么得办法了，幕府将军知道武士刀是干不过大炮的，与其战败受辱，不如委曲求全，日美通商条约签订，日本第一个不平等条约就此诞生！
和所有国家一样，一旦中央羸弱，地方就会有想法，唐朝藩镇割据，明末江南抗税，清末东南互保，都是如此，日本也不例外，日本各地围观了幕府和美国签订不平等条约的过程，登时明白幕府虚的一b，越来越多心怀不满的地方武士和知识分子聚集在一起，对着幕府指指点点。
这里有必要聊聊日本的政治体制了，不然作为一个纯正的中国人，对日本后面发生的事儿就无法理解了。
从秦始皇一统天下开始，中国就变成了中央集权国家，所有权力都集中在朝廷手里；在德川时期的日本，幕府将军统帅军队及文武百官，是日本实际上的统治者，天皇的角色类似于欧洲教皇，经过他的加冕，幕府将军才被赋予合法性，虽然这个流程看上去有点多此一举，不过既然日本人都习惯了，也就这么延续下来了。
在这种体制下，日本人就发现了这么一种可能，就是只要打着效忠天皇的旗号，就可以起来造政府的反，并且绝对不会有叛国的嫌疑，这个伟大的发现让日本人激动不已，为后来此起彼伏的以下克上奠定了理论基础。
佩里强迫日本签订不平等条约，让日本的年轻人感到耻辱，但又不知道该怎么办，于是负责签订条约的日本官员就成为发泄的对象，在“尊皇攘夷”的口号下，一伙来自乡下的武士把签订条约的官员从桥子中揪出来，当众砍掉脑袋，年轻的武士顿时成为日本民族英雄，代价是切腹自杀。
民众对幕府不满，地方反对势力更是蠢蠢欲动，在16、17世纪相交的时间段里，日本人搞内战，位于西南的长州、萨摩和土佐三个藩战败，从此被德川幕府排斥在统治核心圈子之外，三个藩对幕府不满已经超过200年了，终于等到机会了。
1868年-1869年，倒幕派高举拥护天皇的旗号，和幕府军队展开激战，刚才说了，倒幕派主要来自西南，幕府军队来自于东北几个藩，这是一场由失意的人向既得利益者发动的战争，三万拥护天皇的军队用最新式的西方火炮轰塌了幕府领主的堡垒，很多拥护幕府的武士在绝望中切腹自杀，剩余的仓皇逃回老家或者更远的地方，至今，东北依然是日本最穷的地方，这一切在幕府战败的那一刻已经注定了。
天皇在一片欢呼声中迁都江户，正式更名为东京，在市中心建立了一个叫“靖国”的神社，用于缅怀所有为天皇捐躯的英灵，他们的牌位被供奉在神社内，在后面发生的一系列日本对外战争中，无数死去的日本人牌位被供奉此地，效忠幕府的武士则下场凄凉，没人为他们立哪怕一块石碑。
这个靖国神社会遭到很多人的强烈反感，包括被日本人侵略过的那些国家，以及日本国内的拥幕派后裔。