岩从古泻湖一直延伸到潮下带上部，覆盖于玄武岩之上。原来的火山口已变成了南湾的深水良港，火山原来的火山口已变成了南湾的深水良港，火山形态十分明显，火山口为高达50~80余米的弧形陡壁。
涠洲岛北部潮上带有新老两道沙堤，南部海蚀崖上有三层海蚀洞，崖脚有两极海蚀台，反映了第四纪以来涠洲岛一直在间歇地抬升，其幅度可超过20多米。
在气候上，涠洲岛的气候类型属于亚热带海洋性气候。这种气候特点是全年分为雨季和旱季。雨季通常从5月持续到10月，这段时间内岛上可能会有阵雨，海上波涛较大。而从11月至翌年的4月，则是相对干燥的旱季。涠洲岛年平均气温23c，终年无霜，年平均降水量1297，干湿季明显。
涠洲岛海洋中多珊瑚礁，珊瑚玲珑剔透种类丰富多彩。
涠洲岛的海洋珊瑚礁类非常丰富。根据历史记录和调查，涠洲岛的造礁珊瑚有21属45种。其中，2007年和2008年的调查发现，涠洲岛共有石珊瑚10科22属46种以及9个未定种。在属级层面上，角蜂巢珊瑚（favites）、滨珊瑚属（porites）和蔷薇珊瑚属（ontipora）是优势类群；在科级层面上，蜂巢珊瑚科(faviidae）、滨珊瑚科（poritidae）和鹿角珊瑚科（acroporidae）为优势类群珊瑚礁坪生长带。
涠洲岛的海洋中拥有多种类型的珊瑚资源，主要包括：1硬珊瑚：硬珊瑚是涠洲岛珊瑚礁区的主要类型之一，它们在浅水区到深水区都有分布，形成多种不同的珊瑚礁群落，如硬珊瑚礁。2软珊瑚：软珊瑚也是涠洲岛珊瑚礁区的重要组成部分，它们同样分布在从浅水区到深水区的不同环境中。3石珊瑚：石珊瑚是涠洲岛珊瑚礁区的另一种重要类型，它们主要分布在深水区，与硬珊瑚和软珊瑚共同构成了涠洲岛丰富的珊瑚礁生态系统。4柳珊瑚：柳珊瑚是涠洲岛海域中另一种珊瑚类型，它们与造礁珊瑚一起，构成了涠洲岛珊瑚礁生态系统的多样性。5群体海葵：涠洲岛海域还分布有少量的群体海葵，它们与珊瑚共同构成了复杂的海底生态系统。这些珊瑚类型不仅种类丰富，而且它们的分布与底质类型密切相关。例如，硬珊瑚和软珊瑚主要生长在砂质底质上，而石珊瑚和其他类型的珊瑚则更适应于泥质底质。此外，涠洲岛的珊瑚礁生态系统不仅保证了海洋生物的多样性、遏制了海底荒漠化，还为人类提供了大量的食物资源，同时在防浪护岸、减轻海浪侵蚀方面也发挥着重要作用。
在涠洲岛周围的海洋中分布着一处珊瑚礁国家级海洋公园，这就是广西涠洲岛珊瑚礁国家级海洋公园，它位于北海市南部海域，是全国10个获批建设的国家级海洋公园之一。其总面积251292公顷，其中重点保护区127808公顷，适度利用区123484公顷。涠洲岛珊瑚礁主要分布于涠洲岛北面、东面、西南面，是广西沿海的唯一珊瑚礁群，也是广西近海海洋生态系统的重要组成部分。已经探明的珊瑚分属26个属科、43个种类。珊瑚礁生态系统是南海区特色生态系统，具有高生物多样性、高生产力的特点，对维护生物多样性、维持渔业资源、保护海岸线以及吸引观光旅游有重要作用。公元二十一世纪的2013年1月7日，广西壮族自治区海洋局收到国家海洋局正式批复，同意建立广西涠洲岛珊瑚礁国家级海洋公园。从那时起，这一片珍贵的珊珊资源得到了全面充分的生态环境保护和珊瑚礁生态人工种珊俢复治理，获得的一定的改观。
二十世纪中后期，针对中国境内各海洋中的珊珊资源因种种原因所遭受到的不同程度的破坏和退化，在珊珊资源保护措施上，中国政府就采取了以下具体措施来保护珊瑚：一建立自然保护区：中国在二十世纪1980年代就成立了铜鼓岭自然保护区，这是中国重要的珊瑚保护区之一，珊瑚礁种类非常丰富。二生态监测工作：自然资源部南海生态中心负责开展海洋生态预警监测工作，其中包括对南海珊瑚礁的生态监测。三严格的保护政策：中国对珊瑚的保护在全世界范围内是最严格的。中国不仅限制国际间的珊瑚贸易，还在国内绝对禁止珊瑚贸易。中国的珊瑚保护物种已接近500多种。四珊瑚种植和研究：中国的研究人员在西沙鸭公岛、陵水、凤凰岛等地进行珊瑚的无性繁殖方法和育种研究。中国海洋科学家陈宏和带领的团队在三亚凤凰岛种植珊瑚已经超过70万株，繁殖后代超过200万株。中国对珊瑚礁生态系统的保护修复工作年年都在进一步加强。《自然资源部办公厅关于加强珊瑚礁保护修复的通知》提出了多项要求，旨在提升珊瑚礁生态系统质量和稳定性。珊瑚礁被誉为“海洋中的热带雨林”，对维护海洋生物多样性和保护海岸线具有重要作用。保护修复珊瑚礁的关键在于摸底调查和预警监测。
珊瑚礁分布调查的主要手段包括海洋卫星遥感、水下机器人巡查和人工潜水等。这些方法帮助了解珊瑚礁的生态状况，为预警监测提供重要参考。珊瑚礁生态修复以自然恢复为主，辅以人工修复，如珊瑚移植和培育。珊瑚礁修复成本高，成活率取决于修复