自从“福尔摩斯之父”柯南·道尔爵士写出自己的第一部科幻小说《失落的世界》，人类便一直幻想着地球上真的有那么一片地区，还有恐龙和其他古生物活着。
可当那些消失在历史书上的“大家伙”真的出现在现实生活中，人类慌了。
1945年，美国在日本投下“小男孩”，唤醒了海中的大男孩，看起来像变异的可以直立行走的大蜥蜴。
有一就有二，为了防止人类陷入被动，麦克·阿瑟将军在总统杜鲁门的示意下设立了“帝王组织”，专门调查未知的巨兽。
1954年，人类首次确认“哥斯拉”的存在，帝王组织在全球进行布局。
1973年，人类卫星拍摄到一个被风暴笼罩的神秘岛屿，因其外形酷似骷髅，得名“骷髅岛”。
随后，帝王组织带队上岛，发现了类似《失落的世界》描述的景象。
骷髅岛上的生物体型异常庞大，探险队还看到了古代恐龙的遗骸。除了1944年误入骷髅岛的两个军人，岛上的原住民不认识其他外面世界的人。
探险队的人一来就惹怒了骷髅岛之王“金刚”，它是原住民的守护神，主要敌人是来自地底的骷髅蜥蜴。
骷髅蜥蜴的存在似乎证明“地球空心论”的说法并非空想，那样就能解释巨兽到底藏在哪里才一直不为人类所知。
探险队在骷髅岛上死伤惨重，但幸存者离开骷髅岛后在世界各处搜集到了更多巨兽存在的证据。
原来神话传说不全是骗人的！
古代壁画上的巨兽也是真实存在的！
那些巨兽被统称为远古泰坦，它们都是盖亚的孩子。（希腊神话：大地女神盖亚和天神乌拉诺斯生下12泰坦）
1991年，帝王组织在玛拉岛火山发现巨兽“拉顿”，正对应当地传说中的“火之恶魔”。
1999年，帝王组织在菲律宾发现巨兽化石，其外形酷似哥斯拉，且尸体里面还有一只休眠中的雌性穆托孢子。
有迹象表明，已有一只雄性穆托孵化并离开巢穴，下落不明。
随后，休眠中的雌性穆托便被帝王组织带到内华达州的核废料存放地进行研究。
当时的人类还不知道泰坦巨兽吸收辐射，引起日本某核电站泄漏事故的不是地震，而是雄性穆托。（但帝王组织一直都知道）
2005年，帝王组织的成员艾玛和马克夫妇发明了与泰坦交流的技术“奥卡”。
2009年，帝王组织的成员之一陈博士在中国云南发现了尚未孵化的魔斯拉。
2014年，内华达州的雌性穆托苏醒，一路赶往旧金山，与雄性穆托奔现成功。
同时赶来的还有地球霸主哥斯拉。
泰坦巨兽终于为全人类所知。
巨兽之间的战斗让人类意识到自己的渺小，如何与巨兽共存成了新课题。
当然，认为人类才是最该被消灭的害虫的极端环保组织永远不会缺席。
2016年，帝王组织在南极冰原发现了冰封的三头龙基多拉，代号“零号怪兽”。
2017年到2019年，世界各地陆续发现新的泰坦巨兽，帝王组织在每个发现地设立前哨站进行研究。
2019年，帝王组织中发明了“奥卡”技术的夫妇之一艾玛与生态恐怖分子合作。
魔斯拉、基多拉、拉顿被释放。
其中，基多拉产生的超级风暴影响了骷髅岛的气候，引发了一系列自然灾害，还有巨型蝙蝠大闹骷髅岛。
虽然金刚和帝王组织的人员合力打败了巨型蝙蝠，但骷髅岛的生态环境遭到严重破坏，原住民几乎死绝，只剩一个土着小女孩被金刚救下。
名叫苏珊的小女孩是聋哑人，却可以和金刚以及骷髅岛上的其他动物产生心灵感应，帝王组织认为她应该就是盖亚的代理人。
因为骷髅岛无法继续维持金刚的生存环境，帝王组织试图给金刚找新家，但苏珊有别的想法——她要找毁灭骷髅岛的元凶报仇！
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苏珊的骷髅岛图鉴只差一个就满了！
只差一个，她就可以把“骷髅岛”收进自己的宝可梦球了！
被图鉴收录的宝可梦可以在宝可梦球里具现出自己最喜欢的生存环境。
骷髅岛上生物繁多，苏珊花了很长时间才将宝可梦球里的骷髅岛拼得七七八八。
因为盖亚的祝福，她在骷髅岛上的年龄不会增加，一直被原住民当成盖亚的化身（或者盖亚的女儿）。
骷髅岛的守护神金刚虽然还是个宝宝，但在苏珊的言传身教下，已经学会很多武器的用法。
苏珊本想一劳永逸地解决金刚的宿敌——骷髅蜥蜴，让金刚登顶王座，万兽朝拜，从而快速填满图鉴。
骷髅岛图鉴一满，她就可以带着自己的小弟离开新手村，去外面的世界闯荡。
没想到人类来了……
骷髅蜥蜴被唤醒了……
巨型蝙蝠也来凑热闹……
苏珊的满图鉴目标被破坏，她的宝可梦球也因为缺少最后一片拼图无法完整复刻真正的骷髅岛。
随着最后一只没被收录的骷髅岛生物死亡