便遇到武将李适因为论功行赏不满而举兵造反，期间甚至另立了兴安君李瑅为国王。
后来李倧好不容易平定了国内叛乱，但也只太平了两年多，便爆发了丁卯胡乱，后金军在主将阿敏的率领下，一路连下义州、定州、郭山、安州、平壤、黄州、平山诸城，而李倧也撤离了汉城逃亡到江华岛躲避战乱。这场战争最后以朝鲜投降议和，向后金开市并缴纳岁币而告终。
李倧在位期间唯一值得庆幸的是，东边的强邻日本在这个时期正在搞闭关锁国，掌握日本统治权的德川幕府二代将军德川秀忠，与其子三代将军德川家光，与李倧同期在位的这两代幕府将军都将注意力放在了国内的集权统治和驱逐西洋人上，根本就无暇顾及西边的邻居。